大陸官媒新華社上個月27日刊發「鍾台文」署名文章，提到「台灣自古屬於中國的歷史經緯清晰，考古學證明，台灣先住民是從大陸遷徙過去的」；對此中正大學政治學系教授蔡榮祥投書《鏡報》予以駁斥，表示台灣是南島語系的發源地。歷史學者吳昆財則對《梅花新聞網》表示，蔡榮祥的說法根本不是學界共識，無論從地理、從學術分析，台灣絕不可能是南島語系的發源地。
鍾台文上月27日在〈台灣問題的由來和性質〉說：「台灣自古屬於中國的歷史經緯清晰，考古學證明，台灣先住民是從大陸遷徙過去的；西元230年，三國時期吳人沈瑩所著《臨海水土志》留下了關於台灣最早的記述。」對此蔡榮祥本月3日撰文〈駁斥鍾台文癡人說夢的統一檄文〉，表示台灣的先住民是6000年前的南島語族，根據美國史丹福大學人類學博士陳叔倬研究，南島語族不是從中國大陸南部地區來的，因為中國大陸南部地區沒有說南島語系的人，台灣是南島語族的最初發源地。
對此嘉義大學應用歷史系教授吳昆財指出，「台灣是南島語系的發源地」根本不是學術界共識，只是一種井底之蛙的說法。吳昆財說，學界共識是所有島嶼的族群都來自於亞、歐、非洲陸地，無一例外，大洋洲的島嶼民族，都是由中南半島跨海逐漸遷移擴散，最遠往東到了復活島、往南到了紐西蘭等地，當然也包括台灣。
吳昆財說，因此台灣原住民的先祖來源有二：第一是從大陸東南沿海跨台灣海峽而來；第二是從中南半島或中國大陸西南的貴州、兩廣等少數民族往北遷徙至台灣。總之，無論從地理、從學術分析，台灣絕不可能是南島語系的發源地。
支持「台灣是南島語系發源地」者有一個論述，就是有研究人員分析來自台灣、中國大陸、東南亞到太平洋島嶼的構樹基因樣本，發現大洋洲島嶼上的構樹，其葉綠體基因單型（haplotype）與南台灣的構樹相同，從而證實台灣是「太平洋構樹」的原鄉。但吳昆財指出，所有島嶼居民起源都來自大陸，台灣不可能無中生有；大閩南沙文主義想要用一棵樹的基因證明台灣是南島語系發源地，那退一萬步來講，這棵樹又是從哪來的？
支持「台灣是南島語系發源地」者又說，南島語系有吃檳榔、黥面的共通點，用以證實台灣原住民與南島語族關係密切。不過吳昆財指出，吃檳榔、黥面並非南島語系專屬，大陸西南少數民族也有吃檳榔、黥面的習俗，宋代就有紀載，說西南少數民族有紋身習俗，會刺在身上、手臂上，還有一種是「花面」，就是刺青在臉上。
此外，此前大陸古裝劇《長安的荔枝》提到，大陸嶺南地區種檳榔。吳昆財說，嶺南地區居民，包括兩廣、貴州、雲南都有吃檳榔習慣，因為可以消除瘴氣，有些少數民族會把檳榔當做結婚時的贈品，因為他們把檳榔視為水果，見面時也會互敬檳榔。
吳昆財再引述地質學，約2000萬年前的古陸地，台灣與大陸是連在一起的，約1500萬年前才出現台灣海峽，來到台灣的物種才「回不去了」，這已是學界共識。