美國總統川普在發動關稅戰週年之際，又於當地時間2日簽署兩項行政命令，其中一項是正式對外國專利藥品祭出100%懲罰性關稅，逼藥廠將生產線移回美國，台灣沒在豁免清單中，更糟糕的是此舉將推動國際藥價上漲，惡化台灣的缺藥危機。食藥署稍早回應，未來將推動國藥國造來因應。
白宮高層透露，大型製藥廠將有120天的緩衝期，中小型藥廠企業則擁有180天時間因應，新政策將驅使全球多數專利藥廠在美設廠，若藥廠承諾於川普第2個任期結束前完工生產線，關稅將從100%調降至20%。
歐盟、日本、南韓及瑞士等已與華府簽署貿易協議的國家，出口美國的藥品僅需課15%關稅，受衝擊程度較小；此外，若藥廠與美國政府達成最惠國定價協議且在美建廠，也能豁免100%關稅。目前，豁免的國家名單中沒有台灣。
據經濟部統計，2024年台灣製藥（含原料藥及製劑）產業產值以內銷為主，出口至全球金額為9.9億美元，其中出口至美國為3.23億美元；另同年，台灣出口美國的原料藥金額為0.17億美元，出口美國製劑金額約為3.06億美元。
由於藥品出口金額少，美國新關稅政策對台灣產業的直接衝擊並不大。衛福部食藥署長姜至剛2日向媒體表示，美國關稅調高將直接影響台灣的藥品出口，但美國釋出相關消息後，去年藥品輸美金額並沒有太大的變化；對於業者未來可能面臨的產業衝擊，食藥署將持續輔導業者與產業發展，並請經濟部共同執行產業輔導支持，也與業者保持聯繫管道順暢，以便了解業者需求。
比較大的衝擊是川普新關稅政策可導致全球原廠藥成本提高，帶動國際藥價上漲，惡化台灣的缺藥危機；對此，姜至剛回應，對於已有學名藥的原廠藥，政府希望推動在地化製造，對於在地學名藥廠來說應是利多，但對於仍須依賴原廠藥輸入的品項，會與健保署啟動醫療科技評估（HTA）。
川普簽署的另一項加徵關稅命令是進口金屬製成品改依總值課稅並於6日生效，屆時，鋼、鋁、銅等基礎金屬除了維持50%關稅外，針對金屬含量超過15%的製成品，將不再依金屬含量比例課稅，而是直接針對整件產品的總價課徵25%關稅。首當其衝的將是各類家電與工業設備，這對於台灣廠商的衝突更大，而政府目前尚未回應。