大陸國台辦發言人陳斌華今天（7日）宣布，將我內政部長劉世芳、教育部長鄭英耀列為台獨頑固分子。由於近年主要是我方而非陸方限制大專校院赴陸交流，包括近期公私立大專校院赴陸交流都要登記、提報陸委會，也有部分交流無法被核准，對此，學者表示，學界不會忘記鄭英耀一上任就附和陸委會主張，嚴加盤查教師赴陸，「堂堂教育部長做為禮部尚書，竟淪為陸委會『附隨組織』！」
鄭英耀2024年5月20日就任教育部長，之後針對部分陸校祭出多項禁制措施，包括：去年年初，禁止我方學校與廣州暨南大學、華僑大學、北京華文學院等隸屬中共統戰部的學校交流；隨後於專訪時再宣示將「國防七子」的7所陸校列入禁止交流黑名單；去年5月中旬他宣示「不鼓勵、甚至禁止與反對」中小學及大學與對岸交流。有基層教師表示，光是填報自己沒有大陸居住證這件事就填了7次之多。
值得一提的是，鄭英耀在接教長之前是高雄中山大學校長，該校45所姐妹校，有27所是陸校，包括被教育部封殺的「國防七子」北京理工大學、北京航空航天大學、哈爾濱工業大學等3校。去年5月藍委柯志恩問鄭英耀：過去當中山校長，有覺得關鍵技術、科研成果被竊取嗎？跟對岸締結姊妹校，有被統戰的疑慮嗎？結果鄭英耀反覆跳針表示，從來沒有反對兩岸交流「但是現在兩岸情勢真的不同」。
對於鄭英耀被列為台獨頑固份子，嘉義大學應用歷史系教授吳昆財對《梅花新聞網》表示，鄭英耀身為教育界的大家長，早該上榜：「鄭英耀把全台灣讀書人的臉全丟光光！教育原本最不應該有任何政治色彩，教育部長也最有權利拒絕政治勢力，但鄭英耀卻選擇毫不避諱，甘為政黨鷹犬和打手。」他痛批，鄭英耀「從藍轉綠」，一點違和感也沒有，把教育糟蹋成如此不堪，配合執政黨打壓學術與教育自由。
吳昆財表示，鄭英耀本來應該保護老師，保護學術自由、教育交流自由，並抗拒教育部對教師們的限制；但是鄭卻毫無底線、全面配合陸委會嚴查教師赴陸，變成陸委會下級單位：「堂堂『禮部尚書』甘願被陸委會糟蹋，變成陸委會的赴隨組織，讓人瞧不起。」