前民眾黨主席柯文哲24日在庭上做最終辯論，並於臉書發出法庭發言全文，他表示「京華城案，可以檢討整個流程如何做得更好，但不應該因為怕司法追殺而因噎廢食，只求保守沒事，放棄城市發展機會，甚至造成『一國兩制』」，感嘆法律不應成為打擊政敵的武器，導致公務體系陷入「防衛性行政」的失能；他也提及喪父之痛，「如果我父親可以原諒那些人，我也會原諒他們的」。這場辯論不僅是柯文哲對清白的最後一搏，更是他對台灣司法韌性與行政體制的深刻叩問。
台北地方法院審理柯文哲涉京華城、政治獻金等案，24日諭知全案11名被告均辯論終結，訂於明年3月26日下午2時30分宣判，檢方在量刑辯論時指柯文哲開庭罵檢察官髒話、朝檢察官丟東西，又PO文恐嚇司法，舉止「史無前例」，建請合議庭仔細審酌柯文哲的犯後態度，並就其所犯各罪，量處如起訴書所載之刑度。檢方求刑合計28年6月。
柯文哲在庭上不甘示弱，主張自己無罪，回嗆公訴檢察官「先自尊而後人尊」、檢方要不要回答有無勾結鏡新聞放話洩密、淪為政治打手的問題，「怎麼不敢回答？」
他也在臉書發出昨日發言全文，柯文哲對檢察官說：「你實在是不平庸，但是真的很邪惡！」檢察官廖彥鈞在最後的PPT「回歸專業、依法行政」，柯文哲說，其實今天誰在破壞回歸專業、依法行政？就是你們這些檢察官，檢察官一直說「不是個案，就是違法」，但京華城案本來就是個案。
不因京華城案 台北市府放棄城市發展幾會
柯文哲指出，前台北市政府副秘書長李得全出庭作證時也清楚說明：「任何政策一定是先有個案，再有通案，形成原則，最後才形成法律」。柯文哲也以「醫學」舉裡，「我曾經是全世界葉克膜的權威，葉克膜一開始也是個案，個案多了，變系列報告，再來出現病例對照報告，也就是收集過去很多案例，然後分別類，從裡面開始找規則，再有簡單的實驗組、對照組，最後才是最複雜的雙盲、隨機實驗組、對照組的研究，最後找出最有效的治療方式」。
「科學是逐步進步的，不可能一次到位。」柯文哲說，去年在案發之後，面對這一個引起紛擾的案子，台北市政府直接公告「以後不再受理個案依都市計畫法第24條申請容積獎勵」，柯文哲嘆：「我曾經當過市長，我認為這叫因咽廢食，根本放棄城市發展的機會，只求保守沒事，這不是一個積極行政的政府的做法。」
柯文哲認為，京華城案如果重來一遍，怎麼處理會更好？假設他是台北市長，不會下令從此不走受理這個案子，而是下令組織專家學者會議，畫出流程圖（flow chart），每個步驟去建立檢查清單，關於對價性，訂很明確的估價計算方式，這樣就可以把問題解決了。
其實這才是科學的方法，不是只看什麼個案、例外，如果是這樣的話，台大醫院到現在不會有葉克膜，如果我們當時裝第一例葉克膜的時候，每個醫生說「這全世界、全亞洲沒有人做過，這樣做會不會被家屬告？」而是建立一個制度以後，隨著時空改變，這個SOP、flow chart也可能會再改變，所以遇到有問題的時候，再做檢討改進。
柯文哲提到，京華城案是否符合平等原則？很簡單，如果今天京華城案的地主換成另外一個地主，不管其他老闆或是誰，他到台北市府來申請，如果也是走同樣路線，然後得到同樣的處理，其實就是平等原則。所以你們不能講說，京華城換到萬華某個地區就不能適用，不能這樣類比。相信台北市政府的公務員，不管京華城當時的地主是誰，還是會用同樣的方式處理，依照平等原則。
柯文哲改革建言 借鏡「醫療除罪化」
柯文哲也說，近期他常在思考，京華城案付出的社會成本實在太過沈重。身為醫界出身，他不禁以醫療思維來審視這場僵局：如果社會要尋求體制性的進步，有沒有類似的範例可供參考？於是他想到了「醫療除罪化」。目前正深入研究「圖利罪」，他認為未來若要推動改革，或許能借鏡醫療除罪化的邏輯。
柯文哲分享，他曾回台大醫院觀察到，為了防止醫療糾紛，醫師常安排過多檢查來「自保」，這就是防衛醫學留下的後遺症。同樣地，若京華城案被政治化、變成針對個人的獵巫，公務員勢必會為了自保而轉向「防衛性行政」，變得更加保守。當法律被當成傷害政敵的武器，公務體系將會集體失能，最終這份「社會成本」還是得由全體市民來承擔。
他認為，治理城市不該是向台北市長蔣萬安一樣「以後通通不辦」，而應該是「解決問題」。若他處理會直接下令畫出清晰的流程圖、訂定標準化清單與對價標準，不到兩個禮拜，就可以在市政會議上公布以後用這樣處理，就解決掉了。而圖利罪是將來司法改革很重要的題目，因為定義不清，適用範圍不明確，特別涉及政治人物，馬上引起人民對司法雙標的疑慮。所以將來公務員圖利罪的改革可以用醫療除罪化的故事當作參考。
柯文哲：如果我父親可以原諒那些人，我也會原諒他們的
「我坐牢一年，我自己也在反省，我都沒辦法保護自己，怎麼保護台灣人民？」柯文哲說，當了30年外科醫生，其中17年是當台大醫院外科加護病房主任，這是很辛苦的工作，他會當這麼久，是因為沒人想接這個職位，這工作實在太辛苦。
他回憶，他曾救過很多人，在他的世界裡面，醫生不會害病人，當然病人也不會害醫生；我們當醫生不會騙病人，病人也不會騙醫生，「我第一次讀起訴書的感覺是快要吐血！明明事情不是這樣，凡事都做最惡意的解讀，抹黑、影射、認知作戰，那本起訴書真的是網軍大全的巨著」。
柯文哲也提及他時常掛在嘴邊的人生哲學「心存善念，盡力而為」，但他認為，盡力而為比較容易，心存善念比較困難，因為每天起床一直工作直到睡覺，這個容易，所以盡力而為是很容易做到的。但是我們以善意熱情面對這個世界，結果被抹黑誣賴、陷害、甚至還被抓去坐牢一年，要不怨恨這個世界，還真的很困難，不過他會努力。
而柯文哲父親柯承發逝世是柯文哲心中永遠的遺憾與痛苦，他說，「我爸爸在台大醫院住院開刀那一天，我被羈押，直到他死亡時，我都還在羈押，他有很多話要告訴我，但是沒有機會。後來我發現，他有很多話連我媽媽、陳佩琪，他都不願意講，我知道他是要告訴我，但是我沒辦法聽。」
他哽咽地說，「這是我真的...我相信我的同事跟學生都給我爸爸很好的照顧，但是對我這個做醫生的兒子來講，這是一個難以彌補的遺憾。有一個通靈的人來找我，說我爸爸有話要跟我講，我對怪力亂神一向是敬鬼神而遠之，但還是客氣地接待他，最後我講了一句話『如果我父親可以原諒那些人，我也會原諒他們的』，坦白講我一輩子都在救人，我不要讓自己被仇恨淹沒」。
柯文哲：沒有房子越蓋越小道理
關於京華城案，柯文哲表示，其實事實真相是送研議以後，就沒在管這個案子。他接著指出，京華城本來容積率120284平方米，就是678%，後來經營不善要關燈。但是這經營不善，與台北市「東西區門戶計畫」的發展息息相關。隨南港成為高鐵終點站，東區重心移轉，導致原本松山地區的轉運站計畫失效，京華城商圈因都市計畫改變而經營困難。
「如果我是有錢地主，最簡單的做法就是『養地』。」柯文哲分析，地主只要再撐11年，等到建築屆滿30年，即可依法申請都更，屆時將無條件獲得50%的容積獎勵。然而，站在市府立場，不能容忍精華地段出現長達11年的爛尾樓，這就是為什麼不管是都發局官員、都委會委員思考邏輯會跟檢察官想的不一樣。
柯文哲從常理評斷京華城的容積率爭議。他指出，京華城原本的容積率高達678%，若改建後反而降至560%，「哪有房子越改越小的道理？如果容積率縮水，根本不可能有人願意改建。」談及昔日部屬，柯文哲點名時任都發局長黃景茂及台北市都發局前副總工程司邵琇珮等公務員都不會是違法的人，並對邵琇珮目前的處境感到萬分難過，「她以前是非常專業、開會敢舉手跟我辯論的人，現在卻被司法折磨到像是一副行屍走肉」。
檢方「犯意聯絡」遭柯文哲打臉：沒有LINE、通電、私下吃飯等
他表示，歷史雖由少數人創造，不是大部分的人都可以去關一年，然後出來無所謂，「看到朱亞虎、陳俊源、彭振聲及邵琇珮等人認罪，我看到的是人性的悲哀與卑微。」他表示，這讓他自我警惕，在行使權力時應更有同理心，因為多數人無法承受如此巨大的法律與心理壓力。
柯文哲犀利反擊檢方的「編劇思維」，檢方試圖將此案定性為政商勾結弊案，卻發現他身為市長8年，竟與應曉薇議員沒有任何LINE通訊、沒有通電話，更從未私下吃飯或聯絡。「如果我跟她真的有聯絡，你們的故事肯定更多，但事實就是完全沒有。在沒有私下聯絡的前提下，所謂的『犯意聯絡』從何而來？」
柯文哲坦言，與沈慶京的接觸主要發生在「藍白合」期間，因沈慶京曾任國民黨中常委且熱衷撮合，並非因京華城案有頻繁見面。他解釋，小黨出身的市長必須親力親為接觸各界，「好歹都要去應付應付」，沒有辦法像蔣萬安完全都保護得好好的，但這絕非勾結。
柯文哲強調，京華城案能走完行政程序，是因為背後有其都市發展的歷史脈絡。他駁斥所謂「百億暴利」的說法，指出京華城僅使用19年即拆除，建物殘值極高，且改建需負擔巨額保證金與容積移轉成本，「生意沒那麼好做，公務員也不是白痴。」他堅信，如果這真是一個漏洞百出的弊案，不可能有如此多專業公務員與都委會委員集體讓其通過。
最後，柯文哲強調，你們實在是為了打柯文哲傷害太多人了，他看到黃景茂我就很難過，他40幾年的公務員，他有他一定的專業，他不會讓案子這麼離譜地過，「我最難過的就是，你們為了打擊柯文哲，傷害多少人！我每次看到邵琇珮那個樣子，我就覺得很難過，還有李文宗，這種冤獄你們怎麼幹得下去？」質疑公訴檢察官，你們真的要跟林俊言綁在一起嗎？他再度強調，「李文宗冤獄，這樣栽贓，怎麼做得下去？他完全沒有碰(京華城)啦！」
柯文哲也在臉書貼出照片表示，「京華城案，可以檢討整個流程如何做得更好，但不應該因為怕司法追殺而因噎廢食，只求保守沒事，放棄城市發展機會，甚至造成『一國兩制』」，他認為，這樣做或許不會再出現第二個京華城，但台北也不會再有第二個輝達。